Certas enzimas ligam-se apenas a determinados substratos. Existem 4 tipos de especificidade: especificidade absoluta, especificidade de grupo, especificidade de ligação e especificidade estereoquímica dependendo de seus sítios estéricos, número de reações que sofrem, grupos, tipo de ligação que formam.
O substrato é relativamente menor que a enzima. Portanto, o substrato se liga a uma porção da enzima. O substrato é ligado à enzima com forças de ligação fracas, como ligações de hidrogênio, interações eletrostáticas e interações dipolo-dipolo. Os substratos são geralmente complementares às enzimas. No entanto, é possível que eles não se encaixem perfeitamente. Essas forças de ligação ajudam o complexo a ser mais estável. No caso de duas reações de substrato envolvendo complexo ternário, dois substratos devem estar ligados próximos um do outro para preceder a reação. É impossível prosseguir a reação se dois substratos não forem adjacentes ou próximos um do outro espacialmente. Nesse caso, a enzima deveria ter alguma especificidade estérica.
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